El Consejo Rector es el órgano colegiado de gobierno al que le corresponde el control y seguimiento de las actividades de ANECA, así como mantener informados de ellas a los diferentes grupos de interés de la educación superior, de acuerdo con el Estatuto de la Agencia y la restante normativa vigente.
Corresponde al Consejo Rector, entre otros, supervisar la gestión desarrollada por ANECA; aprobar las cuentas anuales de la Agencia; nombrar y separar a la persona titular de la Dirección y prorrogar su mandato, a propuesta de la persona que ostente la presidencia; o, aprobar el código ético para el personal y los/as evaluadores/as que colaboren con la Agencia.
El Consejo será informado de las líneas y criterios de actuación de ANECA, de los planes y programas de carácter anual y plurianual, del estado de ejecución presupuestaria; del anteproyecto de presupuestos, y de la Memoria Anual de Actividades.
De acuerdo al Estatuto de ANECA, el Consejo Rector no participa en aquellas decisiones vinculadas con informes de evaluación, ni en el establecimiento de los criterios y metodologías de evaluación.